Во время основания мира шиноби, Рикудо Сеннин завещал своим сыновьям, чтобы они жили в мире и дружбе и никогда не причиняли вред друг другу. Однако сыновья не послушали своего отца и все время соперничали. Старший брат полагался на силу глаз, позже его потомков начали называть Учиха. Младший же брат полагался на силу рук и его потомков называли Сенджу. Долгое время между их потомками шла война, которой кажется не было предела. Два клана хотели выяснить кто сильнее и кто считается настоящим приемником Рикудо Сеннина, из-за чего между ними произошло невероятно много сражений.
Наконец, оба клана были истощены от постоянной борьбы друг с другом. Оба лидера заключили договор о мире и основали в Хи но Куни деревню скрытую в листве, иначе именуемую как Коноха, где оба могли жить в мире и согласии укрепляя свои отношения. Так как Хаширама позже стал Первым Хокаге, а значит самым главным человеком в Конохе, Мадара опасался за власть и влияние своего клана. Он пытался объяснить, что Хаширама может поднять переворот и уничтожить клан Учиха. Остальные члены клана не видели этих проблем после чего разочарованный Мадара покидает Коноху.
Тем не менее Мадара захотел отомстить Хашираме и отстранить его от власти поэтому он решил убить его в самой последней и решающей схватке между ними. Легендарное финальное сражение между ними произошло в долине завершения. С этого момента и начинаеться игра.