Сюжет Halo повествует о войне людей (ККОН, или UNSC) и Ковенанта (союза инопланетных рас). Люди упорно сдают свои позиции на всех фронтах и форсируют проект "Новых спартанцев" (SPARTAN-II) - суперлюдей, которые призваны уничтожить Ковенант. Все научные силы по этому проекту базируются на планете Reach. Но Ковенант находит Reach и уничтожает планету вместе с новыми спартанцами. Спастись удаётся всего одному кораблю - "Pillar Of Autumn" (Столп Осени), именно в этом корабле транспортируется последний выживший "Спартанец" - Master Chief (John-117), за которого предстоит играть с 1-ой по 3-ью части. Корабль совершает слепой прыжок в гиперпространство и выходит из него рядом с таинственным инопланетным артефактом под кодовым навзванием Halo (Ореол). Оказывается, что данное кольцо является священным для Ковенанта, и те начинают его оборонять…

К середине третьего тысячелетия Земля оказалась настолько перенаселена, что человечество было вынуждено колонизировать другие планеты. Технологический прогресс сделал возможными путешествия со сверхсветовыми скоростями, поэтому правительство Земли и ККОН (United Nations Space Command – UNSC) одобрили колонизацию. Миллионы людей переселились в другие солнечные системы. Главным опорным пунктом человечества стала планета Reach, где проводились многочисленные научные исследования, а также строились гражданские и военные космические корабли.
В 2525 году была потеряна связь с одной из отдаленных колоний – Harvest. Спасательная экспедиция, прибыв на место, обнаружила, что колония полностью уничтожена. Внезапно появился неопознанный корабль и атаковал военные крейсеры людей. Лишь одному из них удалось вернуться на Reach, но перед прыжком в гиперпространство было перехвачено сообщение с инопланетного корабля. Ученые смогли частично его перевести: «Боги требуют, чтобы вы были уничтожены. Мы – орудие богов».

Разразилась война с инопланетянами, названными людьми Ковенант. Впоследствии выяснилось, что человечество столкнулось не с одной расой, а с несколькими, объединенными единым религиозным культом. По неизвестным причинам Ковенант решил, что люди оскорбляют богов самим своим существованием, а потому должны быть уничтожены. Для них это была священная война.

К 2552 году положение людей стало совсем отчаянным. Они терпели поражение за поражением. Ковенанты неумолимо приближались к Земле. Адмирал Престон Коул (Preston Cole) отдал приказ, получивший название Протокола Коула (Cole Protocol). Согласно Протоколу ни один корабль не должен был выдать врагу координаты Земли. Если гражданское или военное судно ввязывалось в бой и отступало, ему следовало любой ценой увести противника за собой прочь от Земли. В случае возникновения опасности захвата корабля его капитан обязан был дать команду на самоуничтожение.

Тем временем на Reach велись работы по созданию суперсолдат-киборгов. Проект получил название SPARTAN-II. Новые киборги могли дать отпор инопланетным захватчикам, но их было слишком мало. Однако и времени уже не оставалось. Все суперсолдаты были собраны на Reach. Им был дан приказ пробраться на корабль Ковенанта и выяснить местонахождение родной планеты агрессоров. За два дня до начала операции Ковенант атаковал Reach и уничтожили всю колонию. Только одному кораблю – Pillar of Autumn – удалось скрыться. Капитан корабля Джейкоб Киз (Jacob Keys) принял решение совершить гипер-прыжок вслепую, чтобы увести Ковенант за собой подальше от Земли.

На пограничных мирах начались восстания против Земного правительства. Регулярные войска ККОН несли большие потери. Доктор Кэтрин Халси предложила возродить предыдущий Проект ОРИОН. Для этого её нужно было собрать 75 рекрутов. Так как для кибер-улучшений нужны были люди определённой генетической структуры, то Халси составила список детей, подходящих по параметрам. Их похитили и заменили клонами, которые заболели и умерли через несколько недель. Вместо фамилий, детям дали порядковые номера из списка Халси (изначальный список имел 150 имён). На протяжении нескольких лет детей тренировал Главный Старшина Мендез. Также их учила истории и тактике искусственный интеллект Дэжа. Когда детям было 14, им сделали операции по улучшению. В боеспособном состоянии осталось 33 "Спартанца"; остальные либо погибли, либо стали калеками. Для первых заданий, они использовали броню орбитальных десантников. Позже Халси выдала им прототипы силовой брони под кодовым названием МЬЁЛЛНИР (MJOLNIR). Только улучшенные Спартанцы могут одевать эту броню, так как любому другому человеку бы оторвало руки и ноги. Броня имеет систему воздухообеспечения, позволяя "Спартанцам" находиться в вакууме короткое время. После начала войны с Ковенантом, в руки разведки попали образцы персональных силовых полей, которые они адаптировали в новую модель МЬЁЛЛНИРа. Следующую модель брони "Спартанцы" получили перед заданием захватить одного из Пророков (высочайшая раса в иерархии) Ковенанта, но планету Reach атаковал вражеский флот, и только Master Chief смог улететь с планеты вовремя. Эта модель позволила Master Chief-у содержать в системе брони искусственный интеллект Кортаны (Cortana).

Простым AI явно не обойтись, можно усовершенствовать.