Думаю не только я заметил. Когда нас отправляют в убежище(не помню точно номера), откуда надо достать G.E.C.K. Упоминалось, что оттуда какраз появляются супер-мутанты.
Идея в следующем. Мутанты(возможно кем-то ведомые) проделывают тоннель до убежища 101. Что следовательно заставляет оставшихся там выйти на пустоши.

Ну вот такое начало. (дальше не углублялся, т.к. нету пока что мотивации для продолжения.)
Также в сюжете была идея с отношениями Глав. героя с Аматой.

Своя идея, схожа с проектом DereK'а. P.S. на ЛС ответил.
название проекта Forgotten City. На лаборатории в городе происходит взрыв. После чего весь город покрывается тьмой.
Через несколько десятков лет один исследователь хочет выяснить, что там произошло, и попадает в "закрытый город".
Т.к. лаборатория была химической - следовательно город населяют различные мутировавший существа. Также имеются выжевшие, которые постоянно борются за своё существование с мутантами. (в кратце описание)

Чтобы подробнее - нужно время. Сейчас сессия, следовательно где-то к четвергу-пятнице могу что-то подробнее сделать. Если с Derek'ом переговоры в тупик зайдут )