Цитата
Спасибо ребята, решил вопрос так:
public IEnumerator StartEmission()
{
yield return new WaitForSeconds(.1f);
FingerMarker.particleSystem.enableEmission = true;
Debug.Log ("Emission starts");
}
Ужас. 
А всё дело было в том, что ты в одном кадре начинаешь эмиссию и в то же время перемещаешь систему частиц, поэтому первая частица появляется в начальных координатах. Поставь Prewarm (или как-то так) в системе частиц >0. (та же задержка)
