Протагонисты 
Спайк | Майкл Миллер Основной протагонист. Был спасён Соколом после сорвавшейся операции подразделения «Дельта» в Лос-Анджелесе, и принят в URJ, как член отряда «Чёрная вдова». В прошлом потерял сестру-сослуживца, чьё имя он не разглашает. Ближе к концу узнаёт, что операция «Дельты» была сорвана Соколом по приказу Властелина.
Заяц | Сергей Соколов Протагонист предыстории. Член отряда «Альфа», который на протяжении всего повествования превращается из малоопытного и трусливого бойца, в достойного солдата. В миссии «Трудный выбор», узнав о том, что корабль-уничтожитель уже парит над Центральным Российским Ковчегом, пытается уничтожить ракету, нацеленную на корабль, так как взрыв погубит всех жителей ковчега, включая его девушки, Саши. Из-за попытки срыва операции был застрелен своим дядей и командиром Лео.
Мертвец | Алексей Христов Член отряда «Альфа». Во время вторжения находился в Нью-Йорке и пытался спастись оттуда вместе со своей женой, Наташей, но та погибла. Был подобран и завербован «Альфой». В Вашингтоне познакомился с девочкой, Джессикой, которая напоминала ему погибшую жену. Попытался взять с собой, но она погибла. Там же получил огнестрельное ранение в лицо от рук одного из оперативников URJ, пытающегося устранить ненужных свидетелей. После всего этого пытался покончить жизнь самоубийством, перерезав себе вены (порезы были настолько сильны, что шрамы так и остались по всему запястью), но его спасли. В миссии «Всё пошло не так» бросил отряд и пытался погибнуть от рук превосходящих числом термитов, что ему якобы удалось. Внезапно, появляется в финальной кат-сцене, где предстоит уже оперативником URJ и напарником Призрака. Там же начинает скрывать своё лицо под красной банданой и чёрными очками. Облучён Выжигателем, поэтому его психика начинает постепенно пошатываться, да и жить ему осталось недолго.
Во второй части становится вторым игровым персонажем. 
Сокол | Имя неизвестно Элитный оперативник и главнокомандующий военными силами URJ. Второй человек после Властелина в организации. Жесток и хитёр. Презирает и ненавидит «Чёрную вдову», в особенности Спайка, поэтому на протяжении всего повествования пытается уничтожить отряд, попутно пользуясь им.
Чёрная вдова URJ Лео / Лев Соколов - командир отряда «Альфа», а позже – «Чёрной вдовы». Прообразом персонажа стал Солид Снейк из Metal Gear Solid 4.
Гастон / Рикардо Сторасэ – член отряда «Чёрная вдова». До вторжения был членом итальянской криминальной семьи, но затем ушёл в армию. Погиб от взрыва прилетевшего снаряда после героического прорыва к «глушилке» термитов и его уничтожения во время обороны Сахалина.
Вдова – член отряда «Чёрная вдова». Известна своими любовными похождениями: сначала безуспешно пыталась соблазнить Сокола, а затем завела роман с Проповедником. Получила осколок в ногу во время обороны Сахалина.
В продолжении Вдова играет главную роль. 
Проповедник / Кацпер Новак – сначала член отряда «Альфа», а затем «Чёрной вдовы». Фанатично верующий в Бога польский снайпер. Единственный человек из отряда, который водит дружбу с Соколом. Попросив помощи у Сокола, был внедрён в «Чёрную вдову», чтобы убить Лео и, тем самым, отомстить за смерть Зайца и мирных жителей Российского ковчега. Впоследствии был тяжелоранен самим Лео во время обороны Сахалина. Дальнейшая судьба неизвестна, скорее всего, жив. Прообразом Проповедника стал снайпер Даниель Джексон из фильма «Спасти рядового Райна».
Хондо / Хондо Коган – член отряда «Чёрная вдова», тяжеловооруженный пулемётчик. До вторжения был одним из ключевых лиц, поднявших «Нигерийское восстание» против НАТО в Нигерии, в ходе которой лишился собственного языка. Погиб, упав на торчащую арматуру, во время обрушения здания супермаркета в миссии «Как в старые добрые времена». Перед смертью вспоминал погибших дочь и жену. Там же является играбельным персонажем.
Джокер / Алекс Браун – член отряда «Чёрная вдова». Мечтает отыскать своих жену и сына, судьбы которых ему неизвестны с момента вторжения. Получил псевдоним за любовь рассказывать анекдоты.
Кумо / Юичи Миямото – член отряда «Чёрная вдова». До того, как попасть в URJ был пилотом истребителя в японский армии и участвовал в операции по спасению мирных жителей одного из китайских ковчегов. В ходе операции его самолёт был сбит, а сам он подобран оперативниками URJ. Есть отец и любящая подруга, которым неизвестно, что он жив.
Альфа 
Зверь / Давити Амирани – член отряда «Альфа», лучший друг Мертвеца. Имел проблемы с командованием и скандалил с ними, но всегда был предан своему отряду и храбро прикрывал им спины. Погиб в Гавре от прилетевшей в голову вражеской пули, когда пытался вытащить раненого Мертвеца из огня противника.
Волк – самый старший член отряда «Альфа». Несмотря на свой возраст, обладал хорошими боевыми навыками. Пытался вытащить девочку Джи из горящего китайского ковчега в Тайване, но попал с ней в заблокированное обломками помещение, и так и не успел выбраться наружу до уничтожения ковчега кораблём-уничтожителем. Перед побегом из Центрального Российского Ковчега, Лео сказал Зайцу, что во время вторжения Волк потерял внучку, поэтому не выдержал и побежал спасать девочку, которую никогда в жизни не видел.
URJ Властелин / Джеймс – лидер URJ. Носит деловой чёрный костюм и заядлый курильщик. Вторжение встретил в Сан-Франциско. Первый играбельный персонаж в сюжете. Прообразом Властелина являются Призрак из серии «Mass Effect» (характер и манеры), а также мистер Риз из сериала «В поле зрения» (внешность).
Тереза – секретарь Властелина и его тайная возлюбленная. Добрая девушка, которая не боится осуждать поступки организации.
Невский – генерал URJ в России. Оказался шпионом Стран-союзников и пытался перебраться к ним, украв секретные данные URJ. Застрелился после того, как был окружен Соколом, его людьми и «Чёрной вдовой».
Пёс – элитный оперативник. Подчиненный Сокола.
Берсерк – элитный оперативник. Подчиненный Сокола.
Беркут – командир одного из отрядов URJ, вместе с которым Спайк перебрасывался в Россию. Был ранен в левую ногу.
Призрак – элитный оперативник-одиночка. Считается лучшим оперативником за всю историю организации. На протяжении всего повествования не раз упоминался. Объявился в финальной кат-сцене, вернувшись на службу после ранения, вместе со своим напарником, которым оказался Мертвец. Прообразом Призрака частично стал Адам Дженсен из Deus Ex Human Revolution (внешность).
Во второй части ему отводится одна из важнейших ролей. Военные силы Стран-союзников Инглей – китайский генерал, возглавивший спасение мирных жителей китайского ковчега в Тайване.
Морозов – русский генерал, командующий отрядом «Альфа». Единственный выживший генерал России после уничтожения Центрального Российского Ковчега, так как в момент взрыва он находился на собрании Совета в секретном бункере.
Мураками – японский генерал, руководящий вместе с Соколом обороной Сахалина.
Томпсон – лидер вашингтонского Сопротивления, помогающий «Альфе» достать блок данных термитов. Во время отступления пытался сбежать от преследовавших его пришельцев. Дальнейшая судьба неизвестна.
Зак Джексон – солдат армии США, командир «Валькирии». Носит на шее ожерелье, сделанное из вырезанных ушей термитов. Афроамериканец. Прототипом Джексона стал подполковник Билл Килгор из фильма «Апокалипсис сегодня».
Тайлер – солдат армии США, один из пилотов «Валькирии», друг Джексона.
Родригес – солдат армии США, командир американского подразделения колонны, которую уничтожил Разрушитель.
Харрис – солдат армии США, командир американского подразделения, отправившейся на поиски Родригеса и его группы.
Мартин – танкист армии США из группы Харриса. Погиб от рук гигантского робота, Разрушителя.
Филлипс – капитан морской пехоты США. Со своим подразделением героически прикрывал уход мирных жителей китайского ковчега в Тайване, несмотря на надвигающуюся смерть. Погиб вместе со своими людьми от взрывной волны луча, посланного кораблём-уничтожителем.
Адамс – член спецподразделения «Дельта» армии США, напарник Спайка. Погиб во время крушения военно-транспортного вертолёта.
Томас – член спецподразделения «Дельта» армии США, напарник Спайка. Погиб вместе с Адамсом.
Джейкоб – член спецподразделения «Дельта» армии США, напарник Спайка. Погиб от обломков взорванного вертолёта.
Совет Чарльз Маккой – член Совета со стороны уже уничтоженной Великобритании.
Акено Окада – член Совета со стороны Японии.
Николай Рямцев – член Совета со стороны России.
Жизель Кортье – член Совета со стороны уже уничтоженной Франции.
Кристофер Эйбрамсон – член Совета со стороны США, министр обороны.
Тао Чжао – член Совета со стороны уничтоженного по ходу Китая.
Мирные жители и живущие на поверхности Саша Морозова – дочь Морозова и возлюбленная Зайца. После побега Зайца дальнейшая судьба неизвестна. Скорее всего погибла: либо во время уничтожения Центрального Российского Ковчега кораблём-уничтожителем, либо от взрыва боеголовки, посланной Лео и Зайцем, когда выбралась на поверхность.
Джессика – найденная Мертвецом девочка-одиночка, живущая в Вашингтоне. Привязалась к нему и стала для него чуть ли не дочерью. Погибла, по ошибке Лео, от танкового снаряда, прилетевшего в здание, в котором та находилась. Гибель или трупа Джессики не было показано, но девочка, очевидно, не выжила, учитывая силу взрыва и временной промежуток, в котором она заметила танк.
Энрика Сторасэ – младшая сестра Гастона, которая была найдена «Чёрной вдовой» в ковчеге «Елена». Именно из её слов стало ясно, что Гастон - трус и дезертир, сбежавший из итальянской армии перед ответственной битвой.
Эйгуо и
Аи – жители китайского ковчега в Тайване, несовершеннолетние брат и сестра, которым Заяц помогает доставить памятник космическому кораблю «Дельфину» к спасательному катеру.
Джи – девочка, пытающаяся покинуть почти уничтоженный китайский ковчег в Тайване. Погибла от взрыва ковчега.
Погибшие до основных событий персонажи Хенг Сун – адмирал китайского космического корабля «Дельфин». Отец Эйгуо и Аи. Вместе со своим экипажем стоял до конца в обороне Земли, когда термиты начали полномасштабное наступление. Продержавшись примерно два часа, корабль получил критические повреждения и рухнул в Париже, погубив с собой весь экипаж и уничтожив полгорода.
Юань Сун – член экипажа «Дельфин», жена Хенга. Мать Эйгуо и Аи. Погибла вместе со своим мужем и экипажем.
Наташа Христов – жена Мертвеца. Погибла в Нью-Йорке. Является Мертвецу во снах и в виде галлюцинаций.
Вэнди – жена Властелина. Когда началось вторжение, находилась на борту пассажирского самолёта с мужем. Атакованный космическим кораблём самолёт разорвало на части, и Вэнди вылетела наружу, несмотря на все попытки Властелина спасти её. Сами обломки рухнули в залив Сан-Франциско, и Властелин выплыл на поверхность. В продолжении выясняется, что Вэнди была беременна и уже назвала ребенка Джесси. Несмотря на многочисленные измены Властелину, отцом, так и не родившегося дитя, был именно он.
Зола Коган, – погибшая от взрыва бомбы американского бомбардировщика жена Хондо во время «Нигерийского восстания».
Аманди Коган – дочь Хондо. После смерти Хондо, Лео нашёл у него свёрток бумаги, в котором говорилось о том, что его дочь пережила вторжение, и просил отыскать её. Однако поиски Лео принесли только горестные вести: Аманди погибла во время уничтожения китайских ковчегов.
Марио Сторасэ – старший брат Гастона, который погиб во время обороны Рима.
Фабиано Сторасэ – старший брат Гастона, который так же погиб при обороне Рима.
Сильвио Сторасэ – отец Гастона, погибший на руках Энрике. Перед смертью сказал, что гордится решением Гастона уйти в армию, хотя до этого, будучи главой мафиозного клана, презирал его за это.
