В UDK нет такого понятия, как "проект". Для отдельного проекта желательно установить отдельный экземпляр программы. Можно, конечно, создать несколько проектов в одной программе, однако, особенность UDK в том, что, по сути, сама папка программы служит заготовкой для игры, и в окончательный проект попадут ресурсы всех проектов, которые создавались в программе. Когда-то тут будут ссылки на крутые проекты. Или нет.