Находите объект, который хотите заменить, сохраняете координаты, удаляете старый объект и создаёте новый объект.
Код
var oldGO = Gameobject.Find("MyOldObject"); // Находим объект, который нужно заменить
var pos = oldGO.transform.position; // запоминаем позицию
Destroy(oldGO); // убираем старый
var newGO = Instance(prefab); // Создаём объект. Здесь можно использовать конструктор с 3 параметрами, что бы объект сразу создался в нужной позиции
newGO.transform.position = pos; // Присваиваем новую позицию
