Цитата
При запуске игры, второй компонент из поля исчезает и на его место автоматически присваивается первый компонент.
Потому что именно это у тебя и написано в методе Start
Цитата
Renderer.material при запуске игры имеет подпись instance
Renderer.material при каждом обращении делает новую копию материала и возвращает ее
Чтобы независимо управлять двумя прозрачностями, эти копии надо сделать в Start и сохранить в полях обьекта
Цитата
как с этим бороться?
Читать документацию