Потому что
Код
if ( timeRemaining == 0 )
а вероятность что при уменьшении на deltaTime вы попадете ровно в 0 ну крайне мала) Замените на:
Код
if ( timeRemaining <= 0 )
или просто на else )
По поводу вывода очков. Этот код:
Код
GUI.Label(new Rect( ...
Нужно писать внутри метода OnGUI()
Но такой подход давно устарел. Изучите новую систему UI.