<?php
$what=$_GET["what"];  
$where=$_GET["where"];  
?>
  <form action="" method="get">
   Искать
   <input name="what" size="100"/>
   <select name="where">
    <option value="body">В тексте</option>
    <option value="header">В заголовках</option>
    <option value="all">Везде</option>
   </select>
   <input type="submit" name="submit" value="Искать"/>
  </form>
  <h1><center>Результат поиска</center></h1>
<?php
$links=0;  
   ..........
    if ($flag)  
    {  
     $links++;  
  ?>
   <h<?=$level?>><a href="../<?=$link?>"><?=$header?></a></h<?=$level?>> <!-- Не менее читабельный, чем исходный. С левелом злостно выглядит в любом случае. -->
    
  <?php
    }  
   }  
}  
if ($links==0)  
{  
   echo "<p>По Вашему запросу ничего не найдено.</p>\n";  
}

<?php
$what=$_GET["what"];    
$where=$_GET["where"];    
?>
<form action="" method="get">
...
</form>
<?php
...