Думаю не только я заметил. Когда нас отправляют в убежище(не помню точно номера), откуда надо достать G.E.C.K. Упоминалось, что оттуда какраз появляются супер-мутанты.
Идея в следующем. Мутанты(возможно кем-то ведомые) проделывают тоннель до убежища 101. Что следовательно заставляет оставшихся там выйти на пустоши.

Ну вот такое начало. (дальше не углублялся, т.к. нету пока что мотивации для продолжения.)
Также в сюжете была идея с отношениями Глав. героя с Аматой.