//Теперь вместо 'glTexCoord2f(x, y)' надо делать так:

glMultiTexCoord2f(GL_TEXTURE0, ...); //координаты для маски
glMultiTexCoord2f(GL_TEXTURE1, ...); //координаты для текстуры, которая будет отрисовываться по данной маске (базовая т.е.)

glActiveTexture(GL_TEXTURE0); //маску отключаем
glEnable(GL_TEXTURE_2D);
glBindTexture(GL_TEXTURE_2D, 0);

glActiveTexture(GL_TEXTURE1);
glEnable(GL_TEXTURE_2D);
glBindTexture(GL_TEXTURE_2D, BaseTexture);

glTexEnvi(GL_TEXTURE_ENV, GL_TEXTURE_ENV_MODE, GL_REPLACE);  //отключаем текс. комбайнеры

GL11.glCallLists(chunk.dList[0]);

// тут все точно также с Блендингом и отключением записи в Z буфер

...

//Далее колдунство с текстурными комбайнерами:

glActiveTexture(GL_TEXTURE0);
glEnable(GL_TEXTURE_2D);
glBindTexture(GL_TEXTURE_2D, AlphaMask);  //указываем маску

glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_TEXTURE_ENV_MODE, GL_REPLACE);
glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_SOURCE0_ALPHA, GL_TEXTURE0);
glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_OPERAND0_ALPHA, GL_SRC_ALPHA);   

glActiveTexture(GL_TEXTURE1);
glEnable(GL_TEXTURE_2D);
glBindTexture(GL_TEXTURE_2D, BaseTex); //тут основную текстуру

glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_TEXTURE_ENV_MODE, GL_COMBINE);
glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_COMBINE_RGB, GL_MODULATE);
glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_SOURCE0_RGB, GL_TEXTURE1);
glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_OPERAND0_RGB, GL_SRC_COLOR);
glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_SOURCE1_RGB, GL_TEXTURE1);
glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_OPERAND1_RGB, GL_SRC_COLOR);
glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_SOURCE0_ALPHA, GL_PREVIOUS);
glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_OPERAND0_ALPHA, GL_SRC_ALPHA);
glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_SOURCE1_ALPHA, GL_PREVIOUS);
glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_OPERAND1_ALPHA, GL_SRC_ALPHA);

GL11.glCallLists(chunk.dList[N]); //рисуем

#define ENGINE_API __stdcall
#define ENGINE_EXPORT extern "C" __declspec(dllexport)
#define ENGINE_IMPORT extern "C" __declspec(dllimport)

#ifdef ENGINE_HEADER_ONLY  //Обявляется в приложении
ENGINE_IMPORT bool ENGINE_API Intialize (int Width, int Height);
#else
ENGINE_EXPORT bool ENGINE_API Intialize (int Width, int Height);
#endif

#include "Header.h"

bool ENGINE_API Intialize (int Width, int Height) {

//тут обычный код, который создает окно. И з приложение эта ф-ция легко дергается.

}

   HRESULT InitVertBuff()    
    {    
    //проектируем вертексный буфер    
    CUSTOMVERTEX Vertex[] =    
    {    
     {  1.0f,-1.0f, 1.0f, 0x00ff00ff, }, //А   
     { -1.0f, 1.0f, 1.0f, 0x00ff00ff, }, //С   
     { -1.0f,-1.0f, 1.0f, 0x00ff00ff, }, //В   
      
     { -1.0f, 1.0f, 1.0f, 0x00ff00ff, }, //C   
     {  1.0f,-1.0f, 1.0f, 0x00ff00ff, }, //A   
     {  1.0f, 1.0f, 1.0f, 0x00ff00ff, }, //D   

     { -1.0f,-1.0f, 1.0f, 0x000000ff, }, //А2   
     { -1.0f, 1.0f,-1.0f, 0x000000ff, }, //С2   
     { -1.0f,-1.0f,-1.0f, 0x000000ff, }, //В2   
             
     { -1.0f, 1.0f,-1.0f, 0x000000ff, }, //C2   
     { -1.0f,-1.0f, 1.0f, 0x000000ff, }, //A2   
     { -1.0f, 1.0f, 1.0f, 0x000000ff, }, //D2   
      

     {  1.0f,-1.0f,-1.0f, 0xffffff00, }, //А3   
     { -1.0f,-1.0f,-1.0f, 0xffffff00, }, //В3   
     { -1.0f, 1.0f,-1.0f, 0xffffff00, }, //С3   
              
     { -1.0f, 1.0f,-1.0f, 0xffffff00, }, //C3   
     {  1.0f, 1.0f,-1.0f, 0xffffff00, }, //D3   
     {  1.0f,-1.0f,-1.0f, 0xffffff00, }, //A3   

     {  1.0f,-1.0f,-1.0f, 0x00ff0000, }, //А4   
     {  1.0f, 1.0f, 1.0f, 0x00ff0000, }, //С4   
     {  1.0f,-1.0f, 1.0f, 0x00ff0000, }, //В4   
     
     {  1.0f, 1.0f, 1.0f, 0x00ff0000, }, //C4   
     {  1.0f,-1.0f,-1.0f, 0x00ff0000, }, //A4   
     {  1.0f, 1.0f,-1.0f, 0x00ff0000, }, //D4   

     {  1.0f, 1.0f, 1.0f, 0x00000fff, }, //А5   
     { -1.0f, 1.0f,-1.0f, 0x00000fff, }, //С5   
     { -1.0f, 1.0f, 1.0f, 0x00000fff, }, //В5   
     
     { -1.0f, 1.0f,-1.0f, 0x00000fff, }, //C5   
     {  1.0f, 1.0f, 1.0f, 0x00000fff, }, //A5   
     {  1.0f, 1.0f,-1.0f, 0x00000fff, }, //D5   
     

     {  1.0f,-1.0f, 1.0f, 0x00000fff, }, //А6   
     { -1.0f,-1.0f, 1.0f, 0x00000fff, }, //В6   
     { -1.0f,-1.0f,-1.0f, 0x00000fff, }, //С6   
              
     { -1.0f,-1.0f,-1.0f, 0x00000fff, }, //C6   
     {  1.0f,-1.0f,-1.0f, 0x00000fff, }, //D6   
     {  1.0f,-1.0f, 1.0f, 0x00000fff, }, //A6   
};   

pDirect3DDevice->SetRenderState(D3DRS_CULLMODE,D3DCULL_NONE);

//Сначало обычным способом рисуется первый слой
...

GL11.glBindTexture (...);  //первая текстура
GL11.glCallLists(chunk.dList[0]);

...

//теперь рисуем второй слой, тут нужно поколдовать с Blend и Depth

GL11.glDepthMask(GL11.GL_FALSE); //Отрубаем запись в Z-Buffer
GL11.glDepthFunc(GL11.GL_LEQUAL); //Т.к. у нас уже глубина ландшафта записана при отрисовке первого слоя, то устанавливаем ф-цию сравнения этой глубины в EQUAL, чтобы тест всегда проходило. По идее, если ландшафт рисуется одним из первых, то можно вообще воткнуть glDepthFunc(GL_ALWAYS) и будет еще лучше.

GL11.glEnable(GL11.GL_BLEND); //Включаем смешивание
GL11.glBlendFunc(GL11.GL_SRC_ALPHA, GL11.GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA); //это формула смешивания. Result = Texture1 * Layer2.Alpha + Texture2 * (1 - Layer2.Aplpha);

//рисуем второй слой
GL11.glBindTexture (...);  //вторая текстура
GL11.glCallLists(chunk.dList[1]);

...

//и возвращаем все в изначальное положение

GL11.glDepthMask(GL11.GL_TRUE);  
GL11.glDepthFunc(GL11.GL_LESS);  

GL11.glDisable(GL11.GL_BLEND);