Приложение после того, как вы добавил его на страницу будет раздавать файлы, даже если его закрыли.

Чем ваш трекер будет лучше уже имеющихся?

2) ВК доверяют, значит будут доверят и приложению.( во отличие от всяких подозрительных трекров в интернете)

Так сделать не получится. Где же флеш контейнер будет открыт? Контакт отображает флеш только на странице приложения. А тут он нужен везде получается.