Насчет цвета
Код
var color = Color.Lerp(deadLineRenderer.color, newDeadLineColor[colorIndex], lerpTime * 2 * Time.deltaTime);
color.a = 1;
deadLineRenderer.color = color;
Либо просто в инспекторе цветам в newDeadLineColor поставить альфу на максимум
Но у тебя проблемы серьезней чем цвет — deltaTime внутри Lerp говорит о том что ты вообще не особо понимаешь как этот Lerp работает, а * 2 и t > 0.9 как костыли на торте как бы рассказывает твою историю борьбы с этим кодом (должен был срабатывать на 1, но получалось очень долго и странно). А все потому что тебе нужен метод MoveTowards вместо Lerp (у Color нет своего MoveTowards, но есть неявный каст в Vector4 и все методы оттуда с ним тоже будут работать). Либо оставить Lerp но переделать как-то так:
Код
public class changeColorGeometryMainMenu: MonoBehaviour {
    [SerializeField] [Range(0f, 1f)] float lerpTime;
    [SerializeField] Color[] newDeadLineColor;
    Image deadLineRenderer;
    Color startColor;
    Color endColor;
    float startTime;
    int colorIndex = -1;
    void Start() {
     deadLineRenderer = GetComponent<Image>();
     StartLerp();
    }
    void StartLerp() {
     startColor = deadLineRenderer.color;
     startTime = Time.time;
     colorIndex = (colorIndex + 1) % newDeadLineColor.Length;
     endColor = newDeadLineColor[colorIndex];
    }
    void Update() {
     var t = Mathf.Clamp01((Time.time - startTime) / lerpTime);
     deadLineRenderer.color = Color.Lerp(startColor, endColor, t);
     if (t == 1) {
      StartLerp();
     }
    }
}