отбрасывание по y проще сделать отдельным скриптом безо всякой физики и rigidbody

Код
public NavMeshAgent agent;
float power = -10;
float offset;
void OnEnable() {
  agent.updatePosition = false;
}
void Update() {
  power = Mathf.Clamp(power - 10 * Time.deltaTime, -10, 1000);
  offset = Mathf.Clamp(offset + power * Time.deltaTime, 0, 10);
  transform.position = agent.nextPosition + Vector3.up * offset;
}
public void Boom(float power) {
  this.power += power;
}

как-то так