Если я правильно понял, то AndroidManifest обновляется когда ты добавляешь плагины, тогда тебе нужно их заново добавить. Или попробуй как здесь http://answers.unity3d.com/questio....fe.html, в простом способе он скопировал AndroidManifest.xml из папки Unity, и добавил в него всё что нужно для плагинов (наверно на основе manifest.xml в плагинах).Добавлено (25 апреля 2016, 19:22)
---------------------------------------------
Попробуй выделить папки с плагинами и нажать "Reimport" в контекстном меню.
Добавлено (25 апреля 2016, 19:28)
---------------------------------------------
И прежде чем что-то делать, не забудь сделать резервную копию проекта.