Java и AS обладают схожим недостатком, необходимостью соответствующей виртуальной машины у пользователя.
Можно при помощи SpiderMonkey (или v8) реализовать JavaScript в своем приложении, тогда виртуальна машина не потребуется, хотя JavaScript сильно недотгивает даже до AS3, не говор про Java. Еще нюанс - какая целевая аудитория разработчиков? Да, Java более распространена в мире чем ActionScript, но она распространена среди разработчиков бизнес приложений. А среди веб-игроделов больше распространен ActionScript.
еще нюанс. если предоставлть апи, к примеру, через XML поверх HTTP или голого сокета, то какая разница на чем будут писать приложение?
Если же приложение надо интегрировать в свое - то тут надо смотреть еще и по своим способностм и способностм своего приложения.
