Я так понимаю, ты хочешь изменить не "элементы префаба", а элементы конкретных экземпляров и не хочешь чтобы изменилось во всех экземплярах. Меняешь как обычно, через ссылки в скриптах или методы Transform, например через Find() по имени получаешь дочерний трансформ и у него вызываешь GetComponent().
Ага, спасибо разобрался, в моем случае решение выглядело так, вдруг кому нибудь понадобиться.
Код
var c = ob.transform.GetChild (0).transform.GetChild(0).gameObject.GetComponent<SpriteRenderer>().sprite = Resources.Load("target", typeof(Sprite)) as Sprite;;
