Для платформеров смотри: Game Editor, Platform Studio, The Games Factory и т.д.

чет запутано сильно.

Может сделать проще, но выехать на реальности (не каламбурности) и атмосферности передачи сюжета.
Сделать что-то типа:

1. На острове была создана специальная секретная лаборатория по созданию био-хим-вакцины, которая повышает функциональность солдат (даёт бесстрашность, силу, отсутствие боли, повышает реакцию и т.д.).

2. Лабораторию устроили на этом острове не случайно - на нём есть ещё достаточно большая военная база этой же страны, на солдатах этой базы и планировалось испытывать эту вакцину. Тайком, само собой.

3. Однажды эксперимент пошел не так. Оказывается, что вакцина отлично работает в том плане, что она выполняет все свои задачи, делая из солдат машин для ведения боёв, лишая их страха и давая им нечеловеческие физические возможности, но с психикой солдат творится что-то непонятное после некоторого времени.

4. Однажды вкалывают вакцину 20 солдатам. Игрок один из них. и 19 "лабораторных крыс" превращаются в сумасшедших! они вырываются и начинают творить беспорядки, заражают почти всех обитателей острова всякой дрянью, после чего происходят мутации и прочее безобразие.

5. Но наш героя (игрок), оказался неподверженным побочным эффектам сыворотки "непобедимый воин" (название позже придумать надо другое), он начинает вооружаться и разбираться в произошедшем, попутно отстреливаясь от мутантов и всяких сумасбродных вояк. Он перемещается от базы к базе, изучая проблему, пытаясь найти способы и выбраться с острова.

6. Правительство узнает об этом и отправляет армию для зачистки. Поначалу правительственной операции игроку приходится вступать в бои с войсками, а после уже связывается с командованием и ступает на их сторону.

7. Он в составе группы зачистки получает задание и отправляется решить проблему.

8. Игрок (персонаж) переживает психологические ситуации, т.к. ему по ходу приходится убивать и своих друзей, мутировавших.

9. Вся группа погибает при мощной стычке с монстрами. Игрок опять остается один. Он продолжает план.

10. Находит логово, где засели первые мутанты, которые всё это учинили. Он должен убить их (это боссы как бы).

Как вам такой набросок?

Game Maker (все жанры), Game Weaver (платформер), GameBrix (платформер), GAGE, Game Editor (все жанры), Platform Games Editor (платформер), Platform Studio (платформер), Open Legends (жРПГ), Open Zelda (жРПГ), RPG Maker VX (жРПГ), RPG Toolkit DS (жРПГ) и т.д.