JRPG, как и многие компьютерные ролевые игры, построены по принципу адвенчуры — цепочки выполняемых квестов. Игрок, передвигая группу героев в игровом пространстве, должен выполнять задания, часто по сути аналогичные заданиям в настольных ролевых играх — например, пройти через локацию к определённой точке, победить некоего противника, найти какой-либо предмет и т. п. (хотя в рамках сюжета эти задания могут быть облечены в весьма увлекательную форму).

Практически любая JRPG построена также и вокруг многочисленных боев с управляемыми AI противниками. Бои обычно являются пошаговыми, хотя во многих JRPG (например, в сериях Seiken Densetsu и Tales of) бои происходят в реальном времени. Наиболее популярными в JRPG являются следующие боевые системы:
пошаговая — Count Time Battle (все участники боя ходят строго по очереди)
Active Time Battle (каждый участник боя имеет свой таймер, обнуляющийся после хода, и ходит только тогда, когда шкала таймера заполняется).

В обоих случаях действие боя приостанавливается на время выбора игроком действия.

Сами бои выглядят по сравнению с компьютерными ролевыми играми довольно абстрактно. Управление всеми бойцами зачастую ведется через серии меню, в которых надо выбирать опции наподобие «атаковать», «защищаться», «применить магию» и т. п. Нередко герои и их противники большую часть времени не передвигаются по полю боя, а стоят друг против друга, лишь подбегая или подскакивая для удара и сразу же возвращаясь на место. При этом анимация самих ударов, способностей, поведения героев и их противников может быть достаточно зрелищной и продолжительной по времени. После боя подводятся его итоги, начисляются очки опыта, объявляются полученные за победу предметы, деньги и т. п.

Весьма традиционной для JRPG является система случайных боев (англ. random battles), при которой простые бои начинаются произвольно (игрок не видит врагов) во время передвижения по карте (мировой, локации) и выносятся на отдельное поле боя, где начинается пошаговая битва между группой героев и отрядом монстров.